Pembentukan Pemerintah Kota Mojokerto melalui suatu proses kesejahteraan yang diawali melalui status sebagai staadsgemente, berdasarkan keputusan Gubernur Jendral Hindia Belanda Nomor 324 Tahun 1918 tanggal 20 Juni 1918.
Pada masa Pemerintahan Penduduk Jepang berstatus Sidan diperintah oleh seorang Si Ku Cho dari 8 Mei 1942 sampai dengan 15 Agustus 1945.
Pada zaman revolusi 1945 - 1950 Pemerintah Kota Mojokerto didalam pelaksanaan Pemerintah menjadi bagian dari Pemerintah Kabupaten Mojokerto dan diperintah oleh seorang Wakil Walikota disamping Komite Nasional Daerah.
Daerah Otonomi Kota Kecil Mojokerto berdiri berdasarkan Undang-Undang Nomor 17 Tahun 1950, tanggal 14 Agustus 1950 kemudian berubah status sebagai Kota Praja menurut Undang-Undang Nomor 1 Tahun 1957.
Setelah dikeluarkan Undang-Undang Nomor 18 Tahun 1965 berubah menjadi Kotamadya Mojokerto. Selanjutnya berubah menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Mojokerto berdasarkan Undang-Undang Nomor 5 Tahun 1974.
Selanjutnya dengan adanya Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999, tentang Pemerintahan Daerah, Kotamadya Daerah Tingkat II Mojokerto seperti Daerah-Daerah yang lain berubah Nomenklatur menjadi Pemerintah Kota Mojokerto.